En 1998, cuando al juez chileno Juan Guzmán le asignaron los primeros casos criminales contra el ex dictador Augusto Pinochet, los colegas y familiares de las víctimas no esperaban nada. Guzmán, políticamente conservador, había celebrado el golpe de estado de Pinochet de 1973, que derrocó al presidente Salvador Allende y provocó la muerte y "desaparición" de miles de personas.

Los directores siguen el rastro del doble proceso de descubrimiento que emprende este juez -el descubrimiento del pasado histórico y el de su propio pasado personal- lo que le obligará a poner en duda sus convicciones sobre la inocencia del dictador chileno.

Apoyándose en las declaraciones de las víctimas de la dictadura de Pinochet, El Juez y el General constituye un testimonio único de las atrocidades cometidas contra los derechos humanos en uno de los episodios más dramáticos del siglo XX.